“卿等提出的问题，虽显得大胆直率，但朕却并未感到意外吃惊。”崇祯帝仍以平和的语气道。“朕近段虽没常在下面多走动，但对群臣私下议论亦时有耳闻。朕知道尔等咀上虽没说明，心中定有很深的疑问：为什么一向办事果断，雷厉风行的皇上，咋突然变得胆小怕事优柔寡断？但朕可以告诉尔等，你们是不挑担子不知重；假若让你来今天当这个皇上试试看，说不定比朕躬更优柔寡断。因一个合格的皇帝，他需想的是天下臣民，要管的是朝廷大事。遇事总要三思而后行吧？
“就说这本《三朝要典》吧？他虽是当年罪臣魏忠贤主持编撰，内容亦多有同历史真实相互出入之处，同当前的拨乱反正工作是相矛盾，朕亦认真思虑过如重新审视处理。但毕竟还牵涉诸多敏感问题。嗣后究竟如何处理？还待朕经过深思熟虑------”
正为当日早朝发生了这档子事，它使得原本近天来，因铲锄魏逆及其党羽，思想顿变轻松的崇祯帝，心理上又骤然间背上个沉重的包袱。因此，在散朝回宫之后，为认真将此难题捋出个头绪，不得不将自己反锁宫里，反复思考着这一问题：从总体来说，现在阻碍自己中兴大明的主要障碍，权奸魏忠贤已除，按照崇祯的雷霆手段，拨乱反正的工作那是势在必行------
但要命的是，这看起来并不起眼的薄薄一本小书《三朝要典》，其身份却有那么点特殊背景。它虽然只算魏忠贤找人代笔的作品，可文前却赫然印着一篇先帝签名的序文，名之曰“御制序”。从而这便带来个问题：就是做为接班人，如何对待先帝钦定的这部著作，是否亦反映出对先帝的态度问题？故此，崇祯颇有种投鼠忌器的感觉。
是呀，在此之前，他已经违背先帝意愿果断地拿下了魏忠贤；若按群臣们的意见，和他自己的某种潜意识，现时还要继续违悖先帝意愿，拿下他钦定的这部著作吗？唉，崇祯对此颇费踌躇。也许正为此，之前在整个大明朝野，也像敬奉神灵一样，人人内心中虽对其不以为然；但表面上却忌谈《三朝要典》，表现出敬而远之。似乎人人心头都有一层窗户纸。可就在上午早朝，当内阁、都察院、翰林院等三要害部门次官，联合上奏疏后，终于闯开了这层窗户纸。朝廷上的事历来就是如此，对一些敏感问题，若大家都不去闯开它，便会成一个永久的公开秘密；可一旦某日有人斗胆带头闯开它，便会愈发而不可收拾。
尔今对《三朝要典》就是这样，既然前边已有三要害部门代表，率先闯开了它，随其后便有人紧紧相跟。公元1628年，也就是崇祯元年三月，南京兵部武选司主事别如伦，便透过被已闯开的窗纸处，进一步揭露其内中秘密。兵部的人历来说话就毫无禁忌，在当日早朝时，一启奏便大声囔囔道：“皇上啊，您老不知道，《三朝要典》上那些奸邪的小人，都成了先帝钦定的理学节义之士；而当年在魏忠贤指使下，那些个迫害杨涟、左光斗等人的所谓供词，却都堂而皇之地载在‘要典’上了。这不荒唐吗？另外还有，他魏党骨干崔呈秀不早已被定罪赐死并抄其家了吗？一个国家罪人的一篇疏文，还赫然印刻在‘要典’篇目上；这岂不与皇上‘除奸惩恶’的圣意相违背吗、因此，臣建议对此必改。事实证明这《三朝要典》是非改不可了。”
尽管别如伦说得天花乱坠神乎其神，进而口干舌渴，但别如伦及满朝堂的人却都亲眼看到，高坐龙椅上的崇祯帝，似乎置若网闻不置可否。当然说得更准确些，他仍是在“优柔寡断”。但他虽表面上不动声色，内心中却似海浪般翻滚。别如伦的话像一把利剑，无疑把他和先帝置于矛盾境地。说老实话，他很不喜欢这样的感觉。在他的内心深处，总还是希望以孝治天下的。他不希望自己在世人眼里，是一个不孝不仁之人。
“但是，如果不动《三朝要典》，拨乱反正的工作就没法进行。”这是当日傍晚，刚刚下朝，在近侍小元子搀扶下，崇祯帝蹒跚着，来至御花园，默不作声，却独自挖空心思地想。“不说别的，先不先杨涟、左光斗、魏大中等，这些无论在朝廷或民间，都颇有极好官声威望的人如何平反？还有，谈到修改《三朝要典》，说着容易做着难，具体如何改？是整体肯定还是部份肯定？是肯定魏忠贤的还是肯定先帝的？最要命的是，他们两位做为‘心灵知己’，基本上做到了休戚与共，你中有我，我中有你------哎，俺的好大哥呀，你真他------好糊涂啊！”
但这边崇祯帝还尚未捋清头绪，最终拿准主意；可那边却有大臣继续火上浇油。前情一个月后，翰林院侍讲倪元璐，紧接又上疏“死谏”。在奏疏中言之凿凿道：“《三朝要典》是道地的，权奸魏忠贤借史杀人的产物。从整体而言，是一本不折不扣的毒书，某些同僚也没必要在这方面再劳神费心，这本书根本没什么修改价值；如若再想着修改，反而会让世人误以为，皇上在部份地肯定早被定罪赐死的魏忠贤，效果则适得其反。所以，臣郑重建议：有必要在全国范围内，公开销毁此书。然后再由翰林院组织专人，再重写一本《天启实录》以正视听------”
退朝后在走回乾清宫的路上，朝堂上群臣的争吵议论声，犹在耳边回响。怎么办？这事还不能冷处理，是否趁热打铁？刚进乾清宫在御案前坐下，崇朕便命道：“小元子，将今日早朝内阁转来，群臣的奏疏取来朕看。”
可是，才刚翻看一本，便突觉头疼起来------看着一本本的奏疏，他不禁又想到了上午早朝时，围绕《三朝要典》的群臣热议------按明朝的官场程序，臣工们的奏疏一般先进内阁，由内阁开会讨论后，再代皇上票拟谕旨，最后皇上若无不同意见，只需朱批就可以了。这便是所谓为皇上分忧。翰林院侍讲倪元璐的奏疏送进来以后，内阁辅臣来宗道脸上就不好看了。